Rad Centra ustrojen je po odjelima u sjedištu Centra i Dislociranoj jedinici te u Podružnici u Sinju.
U sjedištu Centra, Brune Bušića 30, ustrojeni su sljedeći odjeli:
1. Odjel odgoja i obrazovanja
2. Odjel smještaja
3. Odjela za pružanje izvaninstitucionalnih usluga
U sjedištu Centra financijsko-računovodstveni i administrativni poslovi, kao i poslovi zaštite
na radu obavljaju se pod neposrednim rukovođenjem ravnatelja.
U Dislociranoj jedinici u Splitu, Put iza Nove bolnice 14, ustrojeni su sljedeći odjeli:
1. Odjel za pružanje socijalnih usluga osobama s intelektualnim oštećenjima – Firule,
2. Odjel za pružanje socijalnih usluga osobama s poremećajima iz spektra autizma.
Centar obavlja djelatnost, posluje i sudjeluje u pravnom prometu pod nazivom: Centar za odgoj i obrazovanje JURAJ BONAČI.
a. Centar je pruža socijalne usluge djeci s teškoćama u razvoju od 0. do 18. godine starosti i to :
- savjetovanje
- stručna procjena
- psihosocijalno savjetovanje
- socijalno mentorstvo
- psihosocijalna podrška
- rana razvojna podrška
- pomoć pri uključivanju u programe odgoja i redovitog obrazovanja
- boravak
- organizirano stanovanje
- smještaj (djeci s teškoćama u razvoju od navršene 3. godine života)
b. Centar pruža socijalne usluge osobama s invaliditetom i to :
- savjetovanje
- stručna procjena
- psihosocijalno savjetovanje
- socijalno mentorstvo
- psihosocijalna podrška
- pomoć u kući
- boravak
- organizirano stanovanje
- smještaj
- usluga osobne asistencije koju pruža osobni asistent ili videći pratitelj
c. Centar obavlja i druge poslove koji se odnose na:
- podrška korisnicima i pružateljima izvaninstitucijskih oblika smještaja
- osiguranje provođenja odluke o ostvarivanju osobnih odnosa s djetetom pod nadzorom
- informiranje zainteresiranih osoba o udomiteljstvu, pružanje stručne pomoći i potpore udomiteljima i korisnicima, provođenje edukacije udomitelja i ostale djelatnosti propisane zakonom kojim se uređuje udomiteljstvo
- predlaganje i poticanje aktivnosti u području socijalne skrbi na lokalnoj razini
- procjenjivanje potreba korisnika i sudjelovanje u donošenju socijalnog plana za područje jedinice područne (regionalne) samouprave
- poticanje i razvijanje volonterskog rada i
- obavljanje drugih poslova na temelju zakona i Statuta Centra.
d. Centar provodi programe odgoja i obrazovanja:
- osnovnoškolskog obrazovanja
- srednjoškolskog obrazovanja
e. Centar obavlja i druge djelatnosti koje služe i povezane su s osnovnom djelatnošću, sukladno propisima koji reguliraju te druge djelatnosti.